近年来,单个蛋白质分子的观察取得了惊人的进展,高速、高精度地观察生物体内的分子动力学已成为可能。常规衍射 X 射线跟踪:DXT,注3)中,通过用金纳米晶体标记目标蛋白质分子的特定部分并观察纳米晶体衍射X射线斑点的位置变化,可以以小于微秒的高时间分辨率和皮米的精度捕捉单个蛋白质分子的内部运动。因此,DXT已成功用于测量单个DNA分子或巨膜蛋白的内部运动。
8923_9077闪烁的 X 射线:X射线闪烁,注4)在全球首次被确认,其自相关(注5)我们表明,可以通过分析来定量评估衍射X射线斑点的运动速度。此外,这种使用单色X射线的新测量方法表明,与DXT相比,衍射X射线闪烁观察所需的X射线照射量是DXT的1/1,700,这是世界上唯一能够测量单个分子内部运动的方法。因此,通过使用衍射X射线闪烁观察,可以在极低的曝光剂量下测量单分子的动力学。此外,通过利用低曝光的这一特性,我们证明可以使用实验室 X 射线光源在毫秒级测量单分子动力学。
特别是在生物测量领域,自 20 世纪 90 年代以来,它得到了巨大的发展。使用可见光的超分辨率显微镜(2014年诺贝尔化学奖,注6)和使用电子显微镜的单颗粒分析方法(2017年诺贝尔化学奖,注7)将传统的讨论生物分子平均值的分子生物学彻底转变为可以在单分子水平上进行讨论的单分子生命科学。在这些进步之后,研究人员开始尝试测量分子的内部运动。然而,由于可见光因其波长而难以精确测量,并且由于电子显微镜基于低温测量,因此理论上不可能使用连续实时测量来测量运动。 1998年,佐佐木教授提出并实现了世界上第一个高精度、快速的量子探针单分子追踪方法。在该方法中,蛋白质分子的目标区域用金纳米晶体(直径数十纳米)进行化学标记,并以时分方式跟踪来自标记纳米晶体的衍射X射线点的移动。这种X射线单分子追踪方法(DXT)可以测量分子内部的旋转运动,但当转换为平移运动时,可以以皮米精度确定位置,并且最大测量速度为数百纳秒,可以进行时分观察。迄今为止,我们已经成功地进行了许多分子内运动测量,特别是巨膜蛋白分子的离子通道打开/关闭运动的单分子测量,已经是使用其他方法无法实现的结果。
但是 DXT白色 X 射线使用(注8),其使用示例有限。最新的大型同步辐射设施仅使用单色X射线,因此在束线设计阶段没有考虑使用白色X射线。因此,当我们使用单色X射线进行实验时,我们发现衍射X射线的强度明显闪烁(闪烁 X 射线:X射线闪烁)在世界上首次被检测到。然后我们尝试从这种X射线闪烁中提取有关单分子动力学的信息,发现衍射X射线斑点强度的自相关性与单分子的运动速度高度相关。接下来是X射线光源大型同步加速器辐射设施 SPring-8弱5个数量级(注9),观察乙酰胆碱结合蛋白(AChBP),观察到清晰的X射线闪烁。此外,通过与同步加速器辐射类似的分析,我们成功地以100毫秒量级的时间分辨方式评估了当乙酰胆碱(ACh)与AChBP结合时,AChBP的上部结构左右摆动。这一结果表明,这种测量技术可以显着小型化并在实验室水平上使用,而且由于暴露剂量极小,我们可以期待未来的各种发展,利用无损伤测量、长期观察和多色标记,可以同时测量具有不同晶格常数的标记纳米晶体的运动。
此研究成果由自然出版集团 (自然出版集团) 电子期刊“科学报告”将于 11 月 30 日发布在线版本。
这项研究是与东京大学、米乐m6官方网站和高亮度光子科学研究中心 (SPring-8/JASRI) 合作进行的。另外,本研究是在2014年度通过的科学研究补助金(创新领域的研究)“3D活性位点科学”(领域代表:奈良科学技术大学大门博教授)(研究代表:佐佐木裕二教授)和2015年度通过的科学研究补助金(A)下进行的。 (研究代表:佐佐木裕二教授)研究项目名称:“开发一种在实验室中测量自然变性蛋白质的单个X射线分子动力学的装置”和日本医学研究开发机构(国家研究开发机构)的支持下进行这项工作是在创新高级研究和开发支持项目(AMED-CREST)的研发项目“阐明维持磷稳态的器官间网络及其崩溃引起的病理状况”的支持下进行的(研究开发代表:Makoto Kuroo)的研发领域为“基于对生物稳态维持、转化和破坏机制的网络理解,实现最佳医疗护理的技术创造”。
杂志名称:科学报告(在线版本于 11 月 30 日发布)
论文标题:衍射 X 射线闪烁追踪单个蛋白质运动
作者:H关口2,仓持先生1,K池崎1,Y冈村1,K吉村1,松原松原1,JW张1,N奥塔2,久保大3,澪一宏3,铃木吉雄1,伦纳德·M·G·查瓦斯4和佐佐木雄二1, 2, 3,(通讯作者:H Sekiguchi,Y C Sasaki)
1 东京大学前沿科学研究生院材料科学系,2 高亮度光子科学研究中心 (JASRI/SPring-8),3 先进操作测量技术开放创新实验室,AIST/东京大学,4Proxima-I,同步加速器太阳(法国巴黎的大型光学设施)